Q.「収納管理」で「請求書」を出したら、「保険適用外項目明細」欄と「医療費計」欄の両方に自費の金額が含まれています。

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どちらにも含まれた状態で印字される仕様です。
載せないようにするには、空のフォーマットを使用して手入力で変更していただく形になります。

[「各種申し込み書・参考資料」]
「様式集」＞「請求書兼領収書フォーマット」か「請求書フォーマット」か「領収書フォーマット」を選択してExcelファイルをダウンロードしてください。